Le projet Help Cure Muscular Dystrophy de Décrypthon entame sa deuxième phase. Durant un an, 150 000 internautes vont être sollicités pour mettre à son service la puissance de calcul de leurs ordinateurs.
Entretien avec Alessandra Carbone coordinatrice du projet Décrypthon à l'université Pierre et Marie Curie.
Décrypthon, le programme initié en 2001 puis étendu en 2005 par l’AFM en partenariat avec IBM, le CNRS et des universités (1), a pour objectif d’accélérer la recherche en protéomique et génomique des maladies génétiques grâce à une technologie permettant le partage de gigantesques calculs informatiques entre des milliers d’ordinateurs universitaires ou d’internautes (le grid computing). Début mai, il a engagé la deuxième phase de son projet Help Cure Muscular Dystrophy (HCMD) coordonné par Alessandra Carbone de l’université Pierre et Marie Curie (2). Ce projet vise à déterminer les interactions existant entre 2 280 protéines dont une centaine connue pour être directement impliquée dans des maladies neuromusculaires. Grâce à ce « calcul partagé » engagé sur la plus vaste grille de calcul distribué au monde (le World Community Grid qui fait appel aux internautes), les chercheurs espèrent identifier la manière dont ces protéines établissent des partenariats et en déduire de nouvelles stratégies thérapeutiques pour les myopathies, mais pas seulement, car comme l’indique Alessandra Carbone, « parmi les 2 280 protéines, certaines pourraient également être liées à des pathologies du cerveau ou du cœur. »
Avant de tenter d’identifier ces interactions, les chercheurs ont dû effectuer des travaux préliminaires. Dans un premier temps, « nous avons travaillé avec 168 complexes protéiques pour étalonner le dispositif”, » relate la chercheuse. Cette première phase de calcul a duré 26 semaines au lieu des 14 siècles et 89 ans de calculs nécessaires sur un Pc moyen. La deuxième phase du projet a ensuite pu débuter. Elle vise à « observer » les protéines en trois dimensions et à les “tester” deux à deux. L’une est fixe, tandis que grâce aux ordinateurs, les chercheurs font “bouger” la seconde afin de déterminer les positions dans lesquelles les deux protéines interagissent. Si la tâche paraît simple à l’échelle de deux protéines, pour des milliers, elle est colossale. Avec un seul ordinateur, tester tous les sites d’interaction potentiels d’une simple paire de protéines demande quelques dizaines de jours de calculs. Mais, étudier les 2 280 protéines du projet nécessiterait … plusieurs dizaines de siècles de calculs. D’où l’intérêt du partage des calculs qui, permettra d’effectuer ces calculs en environ un an, un délai plus réaliste à l’échelle de l’Homme.
(1) Bordeaux 1, Lille I, Pierre et Marie Curie, Orsay, Rouen, ENS Lyon
(2) (Unité CNRS FRE3214)
Entretien réalisé par Françoise Dupuy Maury
Entretien avec Alessandra Carbone coordinatrice du projet Décrypthon à l'université Pierre et Marie Curie.
Décrypthon, le programme initié en 2001 puis étendu en 2005 par l’AFM en partenariat avec IBM, le CNRS et des universités (1), a pour objectif d’accélérer la recherche en protéomique et génomique des maladies génétiques grâce à une technologie permettant le partage de gigantesques calculs informatiques entre des milliers d’ordinateurs universitaires ou d’internautes (le grid computing). Début mai, il a engagé la deuxième phase de son projet Help Cure Muscular Dystrophy (HCMD) coordonné par Alessandra Carbone de l’université Pierre et Marie Curie (2). Ce projet vise à déterminer les interactions existant entre 2 280 protéines dont une centaine connue pour être directement impliquée dans des maladies neuromusculaires. Grâce à ce « calcul partagé » engagé sur la plus vaste grille de calcul distribué au monde (le World Community Grid qui fait appel aux internautes), les chercheurs espèrent identifier la manière dont ces protéines établissent des partenariats et en déduire de nouvelles stratégies thérapeutiques pour les myopathies, mais pas seulement, car comme l’indique Alessandra Carbone, « parmi les 2 280 protéines, certaines pourraient également être liées à des pathologies du cerveau ou du cœur. »
Avant de tenter d’identifier ces interactions, les chercheurs ont dû effectuer des travaux préliminaires. Dans un premier temps, « nous avons travaillé avec 168 complexes protéiques pour étalonner le dispositif”, » relate la chercheuse. Cette première phase de calcul a duré 26 semaines au lieu des 14 siècles et 89 ans de calculs nécessaires sur un Pc moyen. La deuxième phase du projet a ensuite pu débuter. Elle vise à « observer » les protéines en trois dimensions et à les “tester” deux à deux. L’une est fixe, tandis que grâce aux ordinateurs, les chercheurs font “bouger” la seconde afin de déterminer les positions dans lesquelles les deux protéines interagissent. Si la tâche paraît simple à l’échelle de deux protéines, pour des milliers, elle est colossale. Avec un seul ordinateur, tester tous les sites d’interaction potentiels d’une simple paire de protéines demande quelques dizaines de jours de calculs. Mais, étudier les 2 280 protéines du projet nécessiterait … plusieurs dizaines de siècles de calculs. D’où l’intérêt du partage des calculs qui, permettra d’effectuer ces calculs en environ un an, un délai plus réaliste à l’échelle de l’Homme.
(1) Bordeaux 1, Lille I, Pierre et Marie Curie, Orsay, Rouen, ENS Lyon
(2) (Unité CNRS FRE3214)
Entretien réalisé par Françoise Dupuy Maury
Le projet Help Cure Muscular Dystrophy - phase II est issu du dpt. d'Informatique et Génomique Analytique, FRE3214 CNRS UPMC
